Next-generation sequencing data of low-biomass samples is susceptible to contaminants which were successfully removed with a novel user-friendly bioinformatic tool. High quality NGS data revealed a longitudinally stable individual-specific skin microbiome in healthy individuals. Contrastingly, atopic dermatitis patients showed increasing relative and absolute frequencies in a limited pH range of the opportunist Staphylococcus aureus over time, correlating and predicting AD severity.
Translated abstract:
Daten von Proben mit wenig Ausgangsmaterial sind anfällig für Kontaminanten bei NGS. Diese konnten erfolgreich mit einem neuen Programm entfernt werden. Hochwertige Hautmikrobiomdaten zeigten ein stabiles, Individuum-spezifisches Mikrobiom bei Gesunden, entgegen steigender relativer und absoluter Besiedelung über die Zeit in einem engen pH Bereich von dem Opportunisten Staphylococcus aureus in Neurodermitis Patienten. Dies korreliert mit dem Schweregrad der Neurodermitis und sagt diesen vorher.
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